大同２年、平城天皇の勅願で弘法大師が開基した。「平城山」という勅願をたまわったと伝えられる。大師は本尊の薬師如来、脇仏の阿弥陀如来、十一面観音の３体を１本の木で彫られた。平城天皇は病弱で在位わずか３年で嵯峨天皇に皇位をゆずられたが、弘仁元年の薬子の乱に巻き込まれ、大師から灌頂を受けて出家された。両天皇ともこの寺に行幸され、御朱印を下し、一切経大般若経など納められた。