その名の示すとおり雲の中入る山寺である。
延歴８年、弘法大師が１６歳のとき、ここに一宇を建て開基した。大同２年、嵯峨天皇から勅命を受け、護摩の秘法を修し、仏舎利を納め、千手観音を刻んで本尊として安置された。亀山天皇は深く帰依され、崩御ののち遺髪を納められた。鎌倉時代には七堂加藍が建ち、１２坊、末寺８ヶ寺を持って学問の道場として栄えた。