天台宗延暦寺の座主、智証大師円珍の祖父、和気道善長者が開祖、道善寺と号した。大師はここで誕生した。その後大師の父、和気宅成長者の熱心な願いで勅願寺となり、寺号も金倉寺と改められた。往時の寺領は南北２里、東西１里で、僧坊は１３２を数えた。南北朝時代、争乱に巻き込まれて僧院２７を残すだけとなり、さらに室町時代にも兵火にかかり焼失してしまった。江戸時代、高松藩主松平頼朝重の寄進で再建された。本尊は薬師如来。